项目遇到过，发现mysql数据库密码被恶意修改，应用程序服务无法正常启动。实现了数据库root密码的修改，通过linux下的命令操作，步骤如下：

1、关闭数据库服务

service mysqld stop

2、切换路径至mysql安装目录bin下面，如：/usr/local/mysql/bin，执行如下命令：

/usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables &

3、登录并修改密码

mysql -u root #本机loalhost登录无需密码

update user set password=password("newpasswd") where user="root";

flush privileges;

\q #退出

4、关闭mysql相关进程

ps aux | grep "mysql" #如果发现 --skip-grant-tables 类似的进程 找到其 PID kill掉

kill -9 PID

#有多少进程、删除多少，通常为2个

5、启动mysql服务

service mysqld start

备注：上述方法已经测试过，可行。